JAZMP opravlja nadzor na področju zdravil za uporabo v veterinarski medicini v okviru farmacevtskega nadzorstva. Naloge farmacevtskega nadzorstva, ki jih opravljajo farmacevtski nadzorniki, so:
Inšpekcijski nadzor nad izvajanjem določb Zakona o zdravilh (Uradni list RS, št. 31/2006 in 45/2008) in na njegovi podlagi izdanih predpisov, ki se nanašajo na uporabo zdravil in z uporabo povezano sledljivostjo zdravil v veterinarski medicini, opravljajo uradni veterinarji.