Klasifikacijski sistem ATC razvršča zdravila glede na njihovo glavno indikacijo (pri večkomponentnih zdravilih se indikacija nanaša na glavno učinkovino).
Klasifikacijski sistem ATC temelji na naslednjem načelu: zdravilo (določajo ga sestava, jakost, farmacevtska oblika in pakiranje) ima lahko le eno oznako ATC, četudi ima več enako pomembnih glavnih indikacij. Če pa obstajajo zdravila z isto učinkovino v dveh ali več različnih jakostih ali različnih farmacevtskih oblikah z namenom, da bi dosegli drugačen terapevtski učinek, imajo tudi različne oznake ATC.
Nekatere učinkovine imajo dve oznaki ali več oznak ATC za različno jakost, če so od nje odvisne različne indikacije.